Laboratorium Lingkungan merupakan laboratorium yang melakukan pengujian parameter Fisika, Kimia sesuai Peraturan yang berlaku dalam kerangka kerja pengelolaan lingkungan. Akan tetapi pada dasarnya laboratorium milik Dinas Lingkungan Hidup belum beroperasi dikarenakan sarana dan prasarana laboratorium belum memadai untuk melakukan parameter yang dibutuhkan.
Untuk pengujian parameter COD dan BOD5 Dinas lingkungan Hidup menggunakan jasa dari Laborotorium milik swasta yang bernama PT Global Environment Laboratory (GEL) yang beralamat di Samarinda.